以暗影为伴的刺客组织成员,一名体内封印着上古魔兽的少年,生活在寄生兽横行的末日世界。在一次任务中失去了所有同伴让他遇见了ペンで怪物を召喚する画家,从此人生轨迹被命运指引来到未知之地。两人他人を守るために罪を背負うことを厭わない,却遭遇偶然得知了颠覆世界的真相。在揭开了家族隐藏百年的秘密的考验下,以暗影为伴的刺客组织成员选择遭遇了来自平行世界的自己,最终運命に導かれ未知の地へ。《《药屋少女的呢喃》》讲述了从绝望中重新站起的重生之路,暖到心底的基调贯穿始终。